Les crimes allégués (liste non-exhaustive)
Dans le cadre de cette affaire, les mandats d'arrêt ont été délivrés sous scellés le 8 juillet 2005 et les scellés ont été levés le 13 octobre 2005.
La procédure engagée contre Lukwiya a été close le 11 juillet 2007, suite à son décès le 12 août 2006. La procédure à l'encontre d'Okot Odhiambo a été close le 10 septembre 2015 suite à la confirmation légale de son décès survenu le 27 octobre 2013.
Le 6 février 2015, l'affaire à l'encontre de Dominic Ongwen a été disjointe de l'affaire Kony et al.
En délivrant les mandats d'arrêt, la Chambre préliminaire II de la CPI a estimé qu'il y a des motifs raisonnables de croire que du 1er juillet 2002 jusqu'en 2004, l'Armée de résistance du Seigneur (ARS), un groupe armé, aurait mené une insurrection contre le Gouvernement ougandais, l'armée ougandaise (Forces de défense du peuple ougandais ou FDPO) et les unités de défense locale (local defence units ou LDU).
- L'ARS aurait dirigé des attaques tant contre les FDPO et les LDU que contre les populations civiles ; que, dans la poursuite de ses objectifs, l'ARS se serait engagée dans un cycle de violence et aurait établi un régime de « brutalisation des civils » par des actes comprenant le meurtre, l'enlèvement, la réduction en esclavage sexuel, la mutilation ainsi que l'incendie d'un très grand nombre de logements et le pillage de camps ; et que des civils enlevés, dont des enfants, auraient été « enrôlés » de force comme combattants, porteurs et esclaves sexuels pour servir l'ARS et participer à des attaques contre l'armée ougandaise et des communautés civiles.
La Chambre préliminaire II est également d'avis qu'il y a des motifs raisonnables de croire que :
L'ARS aurait été fondée et serait dirigée par Joseph Kony, son président et commandant en chef, et qu'elle serait organisée selon une hiérarchie de type militaire et fonctionnerait comme une armée.
Les forces de l'ARS seraient divisées en quatre brigades nommées Stockree, Sinia, Trinkle et Gilva, et que, depuis juillet 2002, les postes hiérarchiques de l'ARS placés sous la direction globale de Joseph Kony seraient celui de Vincent Otti, le vice‑président et commandant en second ; celui de commandant de l'armée ; trois postes de rang supérieur, à savoir ceux de commandant adjoint de l'armée, de général de brigade et de commandant de division ; ainsi que quatre postes de commandant de même rang, chacun de ces commandants dirigeant l'une des quatre brigades de l'ARS.
Joseph Kony, Vincent Otti et d'autres commandants de haut rang de l'ARS seraient les membres clés du « Control Altar », section représentant le cœur de la direction de l'ARS et responsable de la formulation et de l'exécution de la stratégie de l'ARS, y compris des ordres permanents d'attaquer et de brutaliser les populations civiles.
En sa qualité de dirigeant suprême et de commandant en chef de l'ARS, Joseph Kony aurait commis plusieurs crimes relevant de la compétence de la Cour ou ordonné ou encouragé leur commission entre le 1er juillet 2002 et 2004, que ce soit individuellement ou conjointement avec d'autres personnes dont l'arrestation est demandée par le Procureur.